Ils étaient le cimetière officiel de l'église de Rome au troisième siècle. Environ un demi-million de chrétiens y ont été enterrés, dont des dizaines de martyrs et seize papes.
Ils prennent leur nom du diacre Calixte qui, au début du troisième siècle, fut nommé par le pape Zéphyrin à administrer le cimetière.
Le complexe Callixtien est la propriété de l'A.P.S.A. - Administration du Patrimoine du Siège Apostolique. La gestion, la garde et la conservation sont confiées à la P.C.A.S. - Commission Pontificale d'Archéologie Sacrée, un organisme du Saint-Siège. Depuis 1930, l'accueil des pèlerins et les visites guidées des catacombes ouvertes au public sont confiés aux Salésiens de Don Bosco.