Al termine della galleria, prima del cancello, troviamo due cubicoli: a sinistra il cubicolo di Aquilina, con la scritta "Aquilina dormit in pace" (Aquilina dorme in pace).
A destra, abbiamo il cubicolo di Sofronia, così chiamato dal nome della defunta ripetuto due volte sulla parete di fondo. Altre due volte questo nome è inciso vicino alla cripta dei Papi. Le scritte, probabilmente, raccontano di un cristiano che, profondamente colpito dalla morte di una persona cara, forse della moglie, era sceso nella catacomba per trovare conforto al suo dolore. In fondo alla scala scrisse un augurio: "O Sofronia, possa tu vivere con i tuoi". Poi scrisse ancora: "O Sofronia,tu vivrai nel Signore". Illuminato dalla fede, giunto in questo cubicolo, sentì il bisogno di scrivere: "O dolce Sofronia, tu vivrai sempre in Dio" e, sotto, "Sì, Sofronia, tu vivrai". È una bella testimonianza di amore coniugale e di fede nella risurrezione.
Dopo un curva ad U si entra nella galleria W2. A destra si incontra il cubicolo di Oceano, dal nome della mitica personificazione del mare dipinto sulla volta. È di modeste dimensioni, decorato a fasce rosse fortemente marcate.
Proseguendo si arriva alla galleria decumana Q1, galleria principale e la più lunga del cimitero, da cui si dipartono le gallerie secondarie chiamate "cardines - cardini".
A pochi passi dalla scala di uscita si trova il cubicolo dei Sarcofagi, che sono chiusi nella parte superiore da lastre di vetro e che contengono pochi resti umani.
La regione detta di Papa Milziade
Attraverso un varco aperto nella parete di fondo del cubicolo A1 si penetra nella regione detta di San Milziade. La regione fu scavata nella seconda metà del 3º secolo e contiene molti cubicoli ed arcosoli, anche lungo le gallerie.
La prima galleria che si percorre si presenta spaziosa. Essa veniva continuamente usata nel periodo delle visite ai sepolcri dei martiri, perché costituiva il passaggio obbligato degli antichi pellegrini dalle cripte dei Papi e di Santa Cecilia al sepolcro del papa martire San Cornelio nelle cripte di Lucina.
Sulla parete di sinistra, all'inizio della galleria, sono visibili alcuni simboli: la colomba, due monogrammi, il pesce, l'ancora, l'uccellino che va a dissetarsi ad un vaso. Sull'angolo della prima galleria a sinistra ci sono due lapidi riguardanti sacerdoti "Julianus presbyter" e "Presbyter in pace" (Giuliano sacerdote e Sacerdote in pace).
Subito dopo un incrocio di gallerie con ampio lucernario, a destra in alto si scorge la suggestiva lapide della fenice radiata e nimbata, cioè con i raggi e l'aureola intorno al capo. Come abbiamo spiegato parlando dei simboli, per i primi cristiani la fenice rappresentava la risurrezione della carne e la nascita alla nuova vita divina.
Osserviamo ora il primo arcosolio, a volte, come in questo caso, decorato. Sopra l'arcosolio c'è la piccola lapide di Irene, una fanciulla cristiana rappresentata come orante nella pace del cielo. Accanto ha il simbolo per eccellenza della pace: la colomba.
Un po' più avanti, sulla sinistra, c'è la cripta del Refrigerio, che serviva per le riunioni di preghiera e per i riti del refrigerio, cioè la commemorazione annuale dei defunti. All'interno si conserva il coperchio di un sarcofago monumentale e per la forma di tetto a tegole, dette coppi, la cripta venne chiamata, al tempo del de Rossi, la cripta del coppo. Di fronte si apre il cubicolo delle 4 Stagioni, che simboleggiano la continuità della vita.